开源项目

GitHub

超图计算与 AI 基础设施

Hyper-Extract GitHub Trending #23300+ Stars
基于 LLM 的知识抽取与演化框架:一条命令将非结构化文档转化为持久化、强类型的「知识抽象」——从简单的集合与 Pydantic 模型,到知识图谱、超图乃至时空图。内置 10+ 抽取引擎(GraphRAG、LightRAG、Hyper-RAG、KG-Gen 等)、80+ 零代码 YAML 模板,支持增量演化与 Obsidian 导出。曾登 GitHub Trending 全球第二。
Hyper-Extract overview
github.com/yifanfeng97/Hyper-Extract
首个超图计算工具箱:基于 PyTorch 的图/超图神经网络深度学习库,支持低阶与高阶消息传递(顶点到顶点、顶点到超边、超边到顶点、顶点集到顶点集等),内置 Auto-ML 超参自动调优模块。已被下载 5 万余次,被全球 24 个国家 200 余家研究机构与企业使用。
github.com/iMoonLab/DeepHypergraph
轻量级超图数据库:原生支持高阶关联的存储与查询,内置超图可视化,为超图结构化知识提供持久化底座。
Hypergraph-DB overview
github.com/iMoonLab/Hypergraph-DB
ontomem PyPI
面向 AI 智能体的自整合语义记忆层:Pydantic schema 优先设计,智能去重与 FAISS 向量检索,让智能体记忆自我组织。
ontomem overview
github.com/yifanfeng97/ontomem
ontosight PyPI
灵活的 AI-ready 可视化引擎:交互式图/超图探索,弥合静态可视化与 AI 驱动动态分析之间的鸿沟,支持对话式交互。
ontosight overview
github.com/yifanfeng97/ontosight

数字病理工具

kfbslide PyPI
纯 Python 的 KFB(KFBio)数字病理切片读取库,提供与 OpenSlide 完全兼容的 API,无需原生依赖即可无缝替换。
kfbslide overview
github.com/yifanfeng97/kfbslide
mrxsslide PyPI
纯 Python 的 MRXS(3DHISTECH MIRAX)全切片图像读取库,OpenSlide 兼容 API,无需厂商 SDK 即可跨平台读取。
mrxsslide overview
github.com/yifanfeng97/mrxsslide
hisalign PyPI
面向 H&E 与多标记 IHC 的全切片图像对齐流程:刚性 + 非刚性配准,在十亿像素级 WSI 上实现多染色空间对齐,支撑肿瘤微环境空间解析。
hisalign overview
github.com/yifanfeng97/hisalign
ihcinfer PyPI
基于 DeepLIIF 的全切片(SVS/KFB)IHC 快速推理库:分块批量推理,在 WSI 尺度上实现虚拟免疫组化染色。
ihcinfer overview
github.com/yifanfeng97/ihcinfer

数据集

Open-Set 3D Retrieval
OS-MN40 & OS-MN40-Miss SHREC'22 Track
基于 ModelNet40 构建的开放集 3D 物体检索数据集,于 SHREC'22 Track: Open-Set 3D Object Retrieval 发布。OS-MN40 含 40 类 12,309 个对象,每个对象含四种模态(点云、体素、多视图、Mesh)多分辨率表示;OS-MN40-Miss 面向模态缺失问题,每个对象以 0.4 概率随机丢弃模态。
SHREC'22 Open-Set 3D Object Retrieval
moon-lab.tech/shrec22
OS-ESB-core / OS-NTU-core / OS-MN40-core
三个开放集 3D 物体检索数据集。每个对象含三种模态:多视图(256×256)、点云、体素(.ply,由 Open3D 提取)。
OS-ESB-core
OS-ESB-core
OS-NTU-core
OS-NTU-core
OS-MN40-core
OS-MN40-core
OS-ESB-core 41 类工程形状 ~100M
OS-NTU-core 67 类 ~260M
OS-MN40-core 40 类 ~1.9G
moon-lab.tech/os3dor